中国中药杂志

2019, v.44(22) 4813-4819

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ITS2二级结构系统发育信息在野菊及其近缘种植物DNA条形码鉴定中的应用价值
Application of ITS2 secondary structure phylogenetic information in DNA barcode identification of Chrysanthemum indicum and its related plants

陈芙蓉;郭巧生;杨锋;朱再标;汪涛;

摘要(Abstract):

通过发掘ITS2二级结构所隐藏的额外系统发育信息,运用ITS2片段作为DNA条形码,探讨利用ITS2核酸序列和ITS2二级结构信息识别野菊及其近缘种的可能性。提取12份样品的基因组DNA,对ITS2片段进行PCR扩增、双向测序,获得ITS2序列信息,并从GenBank上下载野菊近缘种序列28条,对所有40条ITS2序列进行比对,ITS2二级结构预测及结构比较,ITS2二级结构信息编码,ITS2结构数据信息与核酸信息分析,构建MP系统进化树。结果显示,所有ITS2序列的二级结构共有模型为典型的一环四臂结构,不仅具有植物中ITS2二级结构的共性特征,还具有较多其他保守序列,其整体保守性较高;样品间的ITS2二级结构具有明显差异;联合矩阵的变异位点数与核酸序列相比增加了近90%,极大丰富了变异位点信息量;其信息分析将野菊与其近缘种区分开,明显提高了进化树支系的支持率和物种的鉴别率;虽然未能区分开紫花野菊和药用菊2个物种,但有效鉴别出黄花小山菊、小山菊和异色菊。因此,作者建议将ITS2序列结合其二级结构数据信息的分析方法运用于野菊及其近缘种的鉴别研究,并广泛推广到DNA条形码研究中。

关键词(KeyWords): DNA条形码;ITS2二级结构;近缘种;野菊

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 国家自然科学基金青年基金项目(81503180);; 江苏现代农业产业技术体系建设专项资金项目(JATS[2018]283)

作者(Author): 陈芙蓉;郭巧生;杨锋;朱再标;汪涛;

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