中国中药杂志

2011, v.36(03) 289-293

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丹参新的EST-SSR分布规律及分子标记的建立
New analysis of EST-SSR distribution and development of EST-SSR markers in Salvia miltiorrhiza

王学勇;周晓丽;高伟;崔光红;黄璐琦;刘春生;

摘要(Abstract):

目的:建立新近较高覆盖度丹参EST-SSR分子标记,为不同产地来源丹参居群的遗传变异分析奠定基础。方法:对截止2010年11月Genbank下载的丹参EST序列结合HMPL实验室获取的共计1 408条EST序列,进行处理,获取高质量EST序列;经SSRIT软件搜索、分析EST序列中SSR位点的分布规律及类型;在此基础上,运用Websat软件设计EST-SSR引物,经对不同产地丹参样本DNA模板的PCR筛选和条件优化,建立最新EST-SSR分子标记。结果:丹参的EST-SSR种类丰富、覆盖度较大,平均每5.8 kb就检出1条SSR。各种类型出现的频率相差很大,主要重复类型为二核苷酸、三核苷酸重复,分别占SSR总数的63.0%,35.5%,其次为四核苷酸和五核苷酸重复。在重复基元类型中,二核苷酸重复以CT/AG为主,三核苷酸重复以GAA/TCC为主。所优选的36对引物中有29对引物有扩增产物,有效率达80.5%,所选引物对不同产地丹参居群的分子标记出现了多态性。结论:建立的丹参最新EST-SSR分子标记具有较高的覆盖度和多态性,可用于不同产地丹参居群的遗传变异分析。

关键词(KeyWords): 丹参;EST-SSR;分子标记

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 国家自然科学基金项目(30801517);; 北京市自然科学基金项目(7092056)

作者(Author): 王学勇;周晓丽;高伟;崔光红;黄璐琦;刘春生;

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